Ao todo, 15 anos se passaram desde a formação de uma aranha que se dizia imortal, heróis e lendas se foram degradados com o tempo, talvez a paz tivesse finalmente chegado? Não, o cotidiano era monótono, porém a paz não existia, pequenas guerras entre vilas ainda ocorriam, Nukkenins cometiam crimes enquanto as duas maiores potências Kiri e Suna se mantinham imóveis, sem demonstrar nenhuma reação a isso. Enquanto Genei Ryodan se preparava, porém, o que aconteceu? Hisoka, o líder da organização apelidado de "Cabeça" da aranha havia desaparecido, após o exame Chunnin em que se apresentará junto de seu antigo sensei, misteriosamente ele desapareceu, revelado por Zakuro aos membros, ele havia partido em procura aquele mentor que considerava um irmão mais velho, Jackie Worochi. Nisso, 5 anos se passaram, a aranha foi desmembrada e seus membros tomaram rumos distintos, e nisso, Hisoka fora avistado, dessa vez acompanhado de Zakuro, que também desaparecerá. Desde então, informações sobre ele se tornaram meros boatos, ninguém podia provar quando o via, alguns temiam, outros diziam que era uma mera figura que se apagará com o tempo. As vilas que haviam sido dizimadas conseguiam novos Kages, shinobis experientes mas não conhecidos, após a antiga Mizukage Letícia também sumir junto de Yuriko, seu companheiro, um dos membros da Genei Ryodan, Daemon, e nascido em Kirigakure, assumiu a vila se tornando o Mizukage. Senju Muku, um ótimo Kazekage que ergueu Suna tornando-a a maior potência Shinobi, deixou seu cargo e também desapareceu sem deixar notícias. Jornais criavam teorias pelo sumiço de figuras importantes no mundo, outros não ligavam e achavam que era mera ação do destino, tornando-o o presente um passado e se livrando do que é antigo. Porém, na própria Suna e em Kiri, relatos de fênomenos "paranormais" haviam sido registrados pelos moradores... E com isso, mais teorias foram criadas relacionando os desaparecimentos com os misteriosos fenômeno, clarões eram vistos entre as duas pirâmides em Suna, mais pessoas desapareciam e então as pessoas começaram a se questionar, a buscar a verdade, mais gente se arriscava a enfrentar os fenômenos, e outras buscavam as lendas desaparecidas... Enquanto isso, de terras desconhecidas uma enorme tempestade se formava, poderosa que devastava a terra por onde passava, e que em breve engoliria o mundo Shinobi...
E você, o que pensa disso tudo? Também deseja descobrir a verdade por trás de todo esse mistério? Ou se aproveitará da fragilidade do mundo? Pois tome cuidado, a tempestade está chegando!